Pozivima za iskaz interesa za suradnju s organizacijama civilnoga društva i drugim pravnim osobama, Nacionalna zaklada obavlja dio svojih operativnih aktivnosti kroz inicijalnu suradnju.
Inicijalna suradnja podrazumijeva kratkoročnu suradnju na rok od najviše jedne godine s tim da Nacionalna zaklada može na temelju rezultata vrednovanja provedbe inicijalne suradnje odlučiti s razine inicijalne prijeći na razinu programske suradnje zaključivanjem višegodišnjeg sporazuma o suradnji.