Misija Nacionalne zaklade je promicanje i podrška razvoju civilnoga društva u Republici Hrvatskoj.
Nacionalna zaklada svojim djelovanjem teži ostvarivanju aktivnoga građanstva u razvoju modernoga, demokratskog i uključivog društva u Republici Hrvatskoj.
Jedan od osnovnih ciljeva je izgradnja kapaciteta civilnoga društva za sudjelovanje u društvenom razvoju.